四月，朝廷決定由刑部尚書王紀(jì)、左都御史鄒元標(biāo)、大理寺卿周應(yīng)秋組成三法司，會(huì)審熊廷弼和王化貞案。初審這天晚上，魏忠賢將審案過(guò)程記錄呈給了朱由校，這是東廠聽審的監(jiān)察員記錄的。
　　首先提審的是熊廷弼，熊廷弼先跪了三法司，然后就立刻站起來(lái)：“我起自田間，復(fù)任經(jīng)略，原議是讓我駐山海關(guān)，并無(wú)駐廣寧的片字決定。廣寧失守，罪在王化貞！”
　　左都御史鄒元標(biāo)厲聲駁斥：“早就說(shuō)過(guò)，失地喪城，功罪一體，你還想要推卸責(zé)任嗎？”因這是皇帝所說(shuō)，所以熊廷弼沒辦法反駁。
　　接著熊廷弼又對(duì)“提審”他提出異議。鄒元標(biāo)接著說(shuō)：“本職屢奉明旨，內(nèi)云‘提審’，又有‘確審’字樣，你竟然不理！今日必須進(jìn)刑部下獄，是非自明，你不可抗旨。”
　　熊廷弼不服，辯解說(shuō)：“我奉明旨‘聽問(wèn)’，不是‘送問(wèn)’，寫得明明白白，怎能將我下獄？”
　　兩人爭(zhēng)論多時(shí)，刑部尚書王紀(jì)接過(guò)來(lái)說(shuō)：“你不肯進(jìn)刑部，就叫錦衣衛(wèi)旗尉陪你暫到天仙庵住一日，我們上奏皇上，請(qǐng)旨裁決?！?br/>　　熊廷弼無(wú)法，于是只好自請(qǐng)皇帝下詔逮捕他。
　　審?fù)晷芡㈠觯u元標(biāo)、王紀(jì)都帶著客氣的口吻說(shuō)：“請(qǐng)王巡撫過(guò)來(lái)?！?br/>　　王化貞一進(jìn)大堂，就長(zhǎng)跪痛哭，說(shuō)道：“我的苦唯有自己知道，一言難盡！”說(shuō)著，從袖里取出一封信送上。
　　鄒元標(biāo)、王紀(jì)都說(shuō)：“你必須承認(rèn)自己的罪過(guò)，將來(lái)一定還有重回朝班之日！”安慰了一陣，也沒細(xì)審，就都站了起來(lái)，與王化貞“一躬而散”。
　　朱由校問(wèn)道：“這個(gè)鄒元標(biāo)、王紀(jì)對(duì)兩人態(tài)度為什么大不相同，周應(yīng)秋為什么沒有說(shuō)話?！?br/>　　魏忠賢小心回答：“回皇上話，鄒元標(biāo)、王紀(jì)都是東林黨人，熊廷弼是楚黨，王化貞也是東林黨人，還是葉學(xué)士的弟子。周應(yīng)秋不是東林黨人，說(shuō)話也不管用呀?！?br/>　　朱由校笑了起來(lái)，原來(lái)如此。看來(lái)自己上世的信息有誤呀，這東林黨人并不都是忠心耿耿的，明顯的黨同伐異，于是說(shuō)道：“東林黨人竟然敢如此肆無(wú)忌憚偏袒自己人，打擊別黨的人士嗎？”
　　“小的曾聽人說(shuō)，東林黨的左光斗曾經(jīng)說(shuō)過(guò)一句話：若非同道，即為仇敵?！?br/>