他詢問(wèn)過(guò)徐光啟南京教案的基本情況。萬(wàn)歷四十四年，事禮部侍郎署南京禮部尚書沈榷三次向皇帝上奏攻擊基督教，在奏疏中他認(rèn)為基督教教士有三大罪：一、傳教士送禮物給中國(guó)人是為了收買人心，以便在適當(dāng)時(shí)候可以傾覆中國(guó)。二、傳教士曾幫助中國(guó)修歷，推算日蝕、月蝕等日期。沈灌認(rèn)為傳教士以西洋方法治歷，違反堯舜以來(lái)一向的做法，是有意變亂中國(guó)傳統(tǒng)。三、沈榷指控傳教士破壞儒家文化，教導(dǎo)人不拜祭祖先，這更是中國(guó)人不能容忍的。甚至說(shuō)在華天主教傳教士與白蓮教有染，圖謀不軌。朝廷在各方的壓力下，只好下令禁教，勒令將傳教士驅(qū)逐出境。于是傳教士有些被殺，有些下在監(jiān)獄里，日后又被驅(qū)逐到澳門，教堂也被搗毀。徐光啟曾經(jīng)上疏為教士辯護(hù)過(guò)，但最后還是沒有成功。
　　沈榷的理由當(dāng)然不是都正確的，但他所說(shuō)的第三點(diǎn)是大明人最不能容忍的，中國(guó)人有祭祀祖先的傳統(tǒng)，而基督教反對(duì)祭祀祖先，當(dāng)然會(huì)引起大多數(shù)人的反感。利瑪竇對(duì)于中國(guó)教民祭孔祭祖都是不反對(duì)的，而在利瑪竇去世后，接替他的龍華民教士錯(cuò)誤地估計(jì)了形勢(shì)，覺得現(xiàn)在形勢(shì)一片大好，認(rèn)為現(xiàn)在傳教應(yīng)該不再會(huì)有被驅(qū)逐出境的危險(xiǎn)了，以前對(duì)中國(guó)祭孔祭祖的行為容忍是不對(duì)的，大力宣揚(yáng)應(yīng)該不準(zhǔn)許中國(guó)教民祭祖，這才導(dǎo)致了南京教案。
　　金尼閣其實(shí)是比較贊同利瑪竇的傳教方法的，他從歐洲運(yùn)來(lái)七千部書，其實(shí)就是利瑪竇主張的學(xué)術(shù)傳教：先用西方的學(xué)術(shù)來(lái)吸引中國(guó)人，然后讓他們接受西方的宗教就會(huì)容易得多了。但龍華民是他的上級(jí)，也一直都很欣賞他，而龍華民在大明基督徒祭孔祭祖以及一些基督教字詞的翻譯方面有他的堅(jiān)持，他雖然對(duì)龍神父的堅(jiān)持不是太以為然，但至少現(xiàn)在雙方關(guān)系還是很不錯(cuò)的。雖然他知道南京教案與龍華民的傳教策略有直接關(guān)系，但是要他直接批評(píng)龍華民，重回利瑪竇的老路，還是有些困難的。
　　現(xiàn)在皇帝直接指出南京教案是傳教士這一方的原因，那就是直接告訴他，皇帝對(duì)他們的傳教教義和某些傳教方法是不滿的，而在這個(gè)國(guó)家里，皇帝的態(tài)度可以直接決定傳教的成果甚至是傳教能否進(jìn)行。
　　“尊敬的陛下，使臣上次回去曾經(jīng)稟告我們的教皇，教皇已經(jīng)準(zhǔn)許我們將《圣經(jīng)》翻譯成中文，并可以用中國(guó)話進(jìn)行圣事，我們是非常想在大明傳播神的榮光的?！?br/>　　“你倒是學(xué)會(huì)了避實(shí)就虛呀，如果不修改教義，你們?cè)诖竺鞯膫鹘淌遣粫?huì)取得很好的成績(jī)的，你們自己好好的想一想吧。朕準(zhǔn)許在京師建一座教會(huì)圖書館，你們帶來(lái)的書翻譯以后就放在這個(gè)圖書館里，如果你們自己商量好了準(zhǔn)備修改教義的話，再和朕來(lái)說(shuō)吧。”
　　“謝過(guò)睿智的陛下的大恩，使臣會(huì)聽從陛下的建議，修改教義的，不過(guò)時(shí)日可能需要較長(zhǎng)，因?yàn)槲覀円蚪虝?huì)匯報(bào)才行?！?br/>　　“好吧，朕對(duì)你們的書籍很有興趣，希望能早日看到這些書變成我們的語(yǔ)言?！敝煊尚７粗夸浾f(shuō)道。
　　“朕已經(jīng)專門設(shè)置了翻譯局來(lái)將這些書籍翻譯成我們的文字，這個(gè)過(guò)程需要你們的幫助。另外，朕想要設(shè)置一所新的學(xué)校，教授的知識(shí)主要是你們擅長(zhǎng)的機(jī)械方面，也請(qǐng)你們對(duì)課程設(shè)置和教學(xué)方法提一些建議?！?br/>