六月一日，熊廷弼從家鄉(xiāng)被召回，皇帝加了他兵部右侍郎銜。他回朝后首先要求停止貶謫攻擊過他的言官，朱由校沒有理他。然后他獻(xiàn)上了著名的三方布置策：在山海關(guān)布置重兵，并在登萊，天津增兵，在廣寧出兵牽制，并于海上出兵直搗建奴后方。
　　朱由校看了以后，又單獨(dú)召見了熊廷弼，直接問他道：“熊卿的策略朕看了以后有些疑問，最主要的問題是，我們到底是側(cè)重于防守還是進(jìn)攻？”
　　熊廷弼汗立刻就冒了出來，他的策略，雖然說得含糊，但皇帝卻直接看出了他的打算，他一咬牙道：“啟稟陛下，臣準(zhǔn)備先重防守，再等適當(dāng)機(jī)會再進(jìn)攻?！彼南敕ㄊ遣蝗萦诖蟪紓兊?，因?yàn)榇蟪枷氲氖鞘諒?fù)故地，而他卻是想先守著，不思進(jìn)攻，就和以前言官攻擊他的一樣。他在布置策中說要在山海關(guān)布置重兵，又在天津登萊增兵，其實(shí)就是想先固守再圖發(fā)展的烏龜殼戰(zhàn)術(shù)，雖然在奏折中他先說的是“廣寧用騎步對壘于河上，以形勢格之而綴其全力”，那不過是想掩飾一下罷了。
　　“朕不懂戰(zhàn)事，然熊卿欲重兵于山海關(guān)及關(guān)內(nèi)，則關(guān)外必然兵少，建奴來攻，如何應(yīng)付？”
　　見皇帝竟然沒有斥責(zé)他的意思，熊廷弼的心安定了下來：“臣有罪，臣思之，若敵來攻，則可相機(jī)而動，敵多而猛，則可先撤其兵，等敵退則又據(jù)之，敵若少，則可攻之，等其援兵來，則又撤之?！闭f完跪在地上，不停地叩頭。
　　朱由校想，如果是別的皇帝，當(dāng)然不會同意他這么做，大臣也不會同意，因?yàn)檫@是赤裸裸的畏敵呀。但是他知道，在野戰(zhàn)中，明軍想打贏建奴很難。既然如此，那當(dāng)然就應(yīng)當(dāng)避其鋒芒，他是知道游擊戰(zhàn)的，用游擊戰(zhàn)的方法來對付建奴，應(yīng)該是個好辦法。
　　“朕聽說過一句話，存地失人，人地皆失;存人失地，人地皆存。熊卿看來也很明白這個道理，那朕就放心了。不過朝廷已經(jīng)從澳門購買大量紅夷大炮，實(shí)為守城之無上利器，等大炮運(yùn)來之后，卿可擇一堅城，安置大量紅夷大炮，以做固守?！?br/>　　“陛下圣明，臣謝過陛下隆恩?！毙芡㈠雒靼?，皇帝是想用這個方法來堵住群臣的嘴。
　　“朕升卿為兵部尚書，經(jīng)略遼東，卿當(dāng)為朕守住廣寧這一條線，廣寧絕不可失，其余天津，登萊朕自有安排。卿欲用何人，盡可報來，朕賜你尚方劍，有專事之權(quán)，望卿毋讓朕失望。”
　　熊廷弼請為監(jiān)軍道臣高出、胡嘉棟，督餉郎中傅國昭雪，恢復(fù)官職，讓他們理事。建議啟用遼人原贊畫主事劉國縉為登萊招練副使，夔州同知佟卜年為登萊監(jiān)軍僉事，原臨洮推官洪敷教為職方主事，軍前贊畫，用以收攏遼人的心，朱由校都同意了，并下旨升熊廷弼為兵部尚書兼都察院右副都御史，駐于山海關(guān)經(jīng)略遼東等處軍務(wù)。
　　又下旨右僉都御史畢自嚴(yán)巡撫天津，升登州道按察使陶朗先為都察院右僉都御史，巡撫登萊等處地方。沈有容升為總兵、都督僉事，主持登萊海防事宜。