方從哲思考了一會說道：“陛下，這樣只怕也還是不行，朝中有許多大臣，家中或者是其親戚等人，就有大量商鋪，如果收稅，雖然他們依然也可以賺錢，但誰也不會嫌錢賺得多，只怕不會同意，而且他們還有堂而皇之的理由，朝廷不可與民爭利，況且先帝剛剛才廢除了礦稅，陛下立即就收商業(yè)稅，會惹群臣議論?！?br/>　　朱由校想了想，試著說：“如果朕與首輔都同意了，再強(qiáng)制下旨收稅怎么樣？”
　　方從哲連忙阻止：“陛下，萬萬不可，給事中可以封駁圣旨，陛下如下旨收商業(yè)稅，臣可以肯定他們一定會封駁的，到時朝廷威信受損就不好了?！?br/>　　朱由校明白方從哲的意思是皇帝威信受損，原來皇帝也不是想做什么就做什么的。那么要如何做才行呢？他就這個問題請教首輔，方從哲沉默半晌后道：“除非讓大多數(shù)朝臣都同意?！闭f罷接著就搖搖頭，他也知道這幾乎是不可能的。
　　朱由校才知道這個問題確實(shí)很難，先一步步來吧。于是提出想讓徐光啟任戶部尚書，要首輔支持自己，方從哲當(dāng)然是滿口答應(yīng)。
　　幾天后，朱由校召集內(nèi)閣開會，提出要將徐光啟升為禮部尚書，并因?yàn)樾旃鈫⑹亲约旱牡谝晃蝗罩v官，提出要賜給他一面帝師金牌，憑金牌可以隨時面圣，并可管轄三品以下官員，奪職五品以下官員。
　　內(nèi)閣強(qiáng)烈反對，除了方從哲，內(nèi)閣其余兩人都認(rèn)為徐光啟資歷太淺，現(xiàn)在也不過是正三品，而且禮部尚書孫慎行剛剛上任，并無錯處，怎么能以徐光啟取而代之呢？而金牌對三品以下官員都有管轄權(quán)，這會使徐光啟權(quán)力太大，更不用說還可以隨時奪職五品以下官員了，這樣會讓徐光啟的權(quán)力比內(nèi)閣首輔還要恐怖，恐非國家之福。
　　方從哲對徐光啟是很滿意的，不僅是皇帝前幾天給他說了，更主要是因?yàn)樾旃鈫o黨派，他當(dāng)尚書總比東林黨人當(dāng)這個尚書要好得多，只是要他同意徐光啟取代孫慎行的話總不大好意思說吧，何況孫慎行比徐光啟早九年中進(jìn)士，確實(shí)論資歷方面是強(qiáng)于徐光啟的，再說上次皇帝說的是戶部，他也正困惑著，所以只好不表態(tài)。
　　朱由校笑道：”徐先生資歷太淺，如果資歷是指考中進(jìn)士的年限，這個我承認(rèn)，但徐先生中進(jìn)士以來，翻譯泰西書籍，撰寫農(nóng)業(yè)，歷法方面各種著作，且曾開渠種稻，練兵強(qiáng)軍，教育皇孫。有人中進(jìn)士確實(shí)早，卻每日只知蠅營狗茍，爭權(quán)奪利，黨同伐異，無一功于國。如此資歷，便如那積年老賊，有不如無。“
　　皇帝這樣說，這下內(nèi)閣中人倒不好再從資歷方面反對了，特別是東林二人，生怕皇帝將自己也歸入黨同伐異那一塊里面，因?yàn)閷O慎行也是東林人。劉一燝道：”即便不論資歷，只是禮部孫尚書上任以來，盡心任事，如奪其職，則無法說清原由，且不好安排，請皇上三思。“