在完成部隊組建之后，最重要的就是明旗幟，確定各個部隊的標識。
　　與現代軍隊不同，當代多在同一軍旗之下上述部隊番號以確定軍隊旗幟，通過不同旗幟確定軍隊編制，以利于戰(zhàn)場識別。
　　戚繼光《練兵紀實》在選編部隊之后，最初明確的就是旗號，以戚家軍為例，按照營（相當于現代一個旅）、部（相當于團）、司不同，分別用黃紅青黑白五種不同顏色來代替，只不過對應的參照物則分別為旗心、旗邊、旗帶來代替，再在上面上書所部番號。
　　如中軍中部中司為黃心、黃邊、黃帶，那黃心就代表該營（編制相當于旅，但只有三千人，比旅少）為黃色，黃邊代表該部（編制相當于團，但只有千人，比團少）黃色，黃帶代表該司（編制相當于現代營，約五百人，與營相當）為黃色。
　　在同部不同司，代表營（旅）的黃心、代表部（團）的黃邊相同，再通過不同飄帶代表不同司的顏色，如此類推中軍中部前司，其旗幟顏色當為黃心黃邊不同顏色的綬帶以區(qū)分司的不同。
　　除了用顏色不同來區(qū)分部隊編制之外，更用不同大小高度旗幟區(qū)分將領，在《練兵紀實》規(guī)定營將（旅）旗幟長六尺，放在一根長約一丈五尺的旗桿上。
　　千總旗幟長四尺，放在一根長約一丈二尺的旗桿上。
　　把總旗幟長約三尺，放在一根長約一丈一尺的旗幟上。
　　這是營（旅）部（團）司（營）的旗幟區(qū)分，對司（營）以下，則完全不同。
　　百總（連）有旗一面，身方二尺，掛在九尺高的旗桿上，其旗心旗邊旗帶分別對應所在部隊的營（旅）部（團）司（營），而通過上面字體區(qū)分不同局（百總），如振勇、振武、威勇、武勇代表不同局（相當于現代連）。
　　在局（連）以下，旗總（排長）背一面二尺五寸長旗幟，插在三寸的旗桿上，上面書寫所在哨旗
　　而隊總（班長）則通過頭盔上盔旗進行區(qū)分，上面也書寫所在哨旗。
　　這是古代軍隊區(qū)分方法，現在里兵由過去一局（連）擴編為一司（營），兵馬增多，很多人不熟悉，為了加強軍隊需要明確旗幟，以進行區(qū)分。
　　在大明以紅色為尊，再加上前世個人對旗幟感情，楊麟將紅色定為自己主將旗幟，在上面繡上紅色的鐮刀鐵錘以代表里兵最主要依靠力量為農民與工匠，再繡上紅色飄帶，通過黃旗黃色鐮刀鐵錘與黃帶代表所在司。
　　各局（大隊，相當于連）則不同書寫字體顏色代替，如楊麟親率的神槍大隊則上書紅色的神槍大隊，楊威的強弓大隊則上書黃色的強弓大隊，龍之幀的勁弩大隊則上書藍色勁弩大隊，以區(qū)分不同局（大隊）。
　　局以下中隊長與過去旗總一樣，需要背一面小旗作戰(zhàn)，小旗上面旗心顏色、旗邊顏色、字體顏色與大隊相同，與其他中隊最大不同就是旗幟顏色，如第一中隊為紅色，第二中隊黃色，第三中隊藍色。
　　小隊長與過去小旗一樣，通過盔旗識別，如第一中隊第一小隊，則為紅底紅邊紅帶，第一中隊第二小隊則為紅底黃邊黃帶，第一中隊第三小隊則為紅底藍邊藍帶。
　　除此以外，還對兵丁進行識別，所有兵丁都在號衣左胸上繡所在部隊番號，如第一神槍局，第二強弓局，第三勁弩局。
　　兵丁頭盔通過繡帶識別，繡帶顏色與小隊長（小旗）顏色一致，如小隊長盔旗為紅底藍邊藍帶，那么頭盔上繡帶就以紅為主，雜著少量藍色飄帶。