再到更后面，民國6年9月12日，臧致平大放光彩，擔(dān)任漳汀鎮(zhèn)守使這個(gè)職位，這也是他政治生涯極為重要的一步，第二年移駐廈門被提升為福建第二師師長，部隊(duì)歸屬皖系李厚基管轄。
　　民國11年，他更是因?yàn)檐娙顺錾?，說話做事爽直，看不得一點(diǎn)齷齪，所以大張旗鼓的反對李厚基、陳炯明聯(lián)省自治，無奈被削去師長職務(wù)。
　　一氣之下就投靠同為皖系的蘆永祥。在他的支持下，臧致平信心暴漲，便果斷在11月7日晚上發(fā)動(dòng)倒李厚基兵變，果然不出其預(yù)料，李厚基兵敗被俘，他也沒把李厚基怎么樣，只是把他驅(qū)逐出福建了，然后臧致平自任閩軍總司令。
　　北洋政府看到他兵力強(qiáng)大，便想利用臧致平替他們賣力，立馬以總統(tǒng)黎元洪的名譽(yù)任命臧致平為漳廈護(hù)軍使，臧致平經(jīng)過這么些年也看開了，這個(gè)政府就是個(gè)軟腳蝦，沒什么卵用，這個(gè)世道，只有自己強(qiáng)大才是真的強(qiáng)大，便沒有搭理北洋政府。
　　民國12年，北洋政府見臧致平鳥不鳥他們，惱羞成怒，于是便想要打壓臧致平的囂張氣焰，便委任直系孫傳芳去福建署理軍事，也是間接限制臧致平的意思，臧致平自然不愿意自己辛苦打下的江山拱手與人，便和王永泉聯(lián)名上電京城，擺明車馬告訴北洋政府：福建不歡迎你的人。但是北洋政府沒有搭理，蒼鷹又怎么會(huì)管螞蟻的抗議呢！所以孫傳芳依舊派下來了，但是當(dāng)孫傳芳抵達(dá)南平的時(shí)候，臧致平親自去福州和劉冠雄等人商量怎么阻止他，同調(diào)兵北上，聯(lián)合王永泉一起抵御孫傳芳，畢竟孫傳芳不是單槍匹馬來的。
　　但是王永泉不行，畏畏縮縮，甚至還投靠了孫傳芳，臧致平一氣之下在4月17日正式發(fā)表通電，反孫獨(dú)立。并且4月30日在廈門召集福建各軍將領(lǐng)舉行聯(lián)合討伐孫傳芳的軍事會(huì)議。同年5月，因許崇智被陳炯明麾下的林虎率軍擊敗，臧致平心中無奈，但是唇亡齒寒，只能率部救援。
　　誰曾想賴世璜、蘇世安人也戰(zhàn)敗向林虎投降，許崇智又出了新狀況，麾下軍官黃大偉叛變，聯(lián)軍這下子腹背受敵，臧致平無可奈何，只能退守廈門，聯(lián)軍頓時(shí)宣告解體。7月，林虎、王永泉聯(lián)合海軍三面襲擊廈門，就在多方受敵的危難之際，臧致平仍然堅(jiān)持守護(hù)廈門，后來在孫中山派許崇智等人率軍援助下，轉(zhuǎn)危為安。
　　民國13年2月5日，臧致平知道了日籍浪民準(zhǔn)備聯(lián)絡(luò)王獻(xiàn)巨部武裝襲擊廈門，于是便下令警察收繳日籍浪民所攜帶的槍械武器，雙方發(fā)生槍戰(zhàn)，日籍浪民被打死7人。日本駐廈門領(lǐng)事趁機(jī)向臧致平提出懲兇賠償，并電召日本軍艦到廈門示威，國力孱弱，只能任小日本在我大中華的海域橫沖直撞，但是臧致平?jīng)]有妥協(xié)，最終通過協(xié)商手段解決此事。
　　之后孫中山為了鞏固與閩軍、海軍的聯(lián)盟，便和臧致平協(xié)商將廈門交給海軍管轄，作為條件換取海軍支持孫中山在福建活動(dòng)，臧致平一向聽從孫中山意見，沒有一絲遲疑就交出廈門。蘆永祥便將他和所轄軍隊(duì)編為浙江邊防軍，任命臧致平為邊防訓(xùn)練處處長。