就在張獻忠攻克成都的時候，南京的弘光朝廷詔令原川陜總督樊一蘅仍任原職，又授原大學士王應熊為兵部尚書，總督川湖云貴四省軍務，楚、鄖、貴、廣悉聽其節(jié)制，并撥給餉銀三萬兩，賜尚方寶劍便宜行事。
　　然而王應熊名為督師，卻無師可督，只能散盡家財，招兵數(shù)千人，與樊一蘅避居遵義，開府理事，檄傳各州縣舊將會師共舉。
　　很快，曾英、劉鱗長，以及余大海、李占春、張?zhí)煜嗟戎T部皆表示愿受其節(jié)制，官軍聲勢得以復振，重新?lián)肀嗳f，并不斷向蜀中反撲，試圖收復失地。
　　與此同時，坐鎮(zhèn)川北的大順四川節(jié)度使，懷仁伯馬科亦率部奪回了順慶，馬科正打算從順慶水陸并進，襲取重慶，阻斷張獻忠與湖廣左良玉的聯(lián)系，避免兩軍聯(lián)合，然后召集搖黃十三家，走內水向西，逼大西軍退往云貴山區(qū)，從而達到全據(jù)川中的目的。
　　沒想到順慶這邊船只尚未打造完畢，張獻忠已命張能奇率軍三萬前來攻打綿州，意圖攻略漢中，直搗西安。
　　馬科唯恐綿州有失，遂召集諸將言道：“川北之地幅員遼闊，我軍兵少，難以守御，然所占之地不可輕易放棄，本鎮(zhèn)業(yè)已馳報陛下，請增援軍！今順慶城防堅固，敵軍不易攻取，故本鎮(zhèn)決定親率三千精銳潛往綿州，救援馬爌！爾等且繼續(xù)留守城中，切記若敵軍來攻，只可堅守，不可輕舉妄動！”
　　諸將齊聲答應，馬科于是帶著三千精騎趁夜悄悄打開城門，往綿州而去。
　　再說張能奇將三萬精兵分作三路，其中振武將軍洪正隆領兵五千為右翼，走金堂、中江一路向三臺；英勇將軍張其在領兵五千為左翼，走什邡、綿竹、安縣一路向江油；他自己則親率兩萬步騎經(jīng)新都、漢州、德陽、羅江，一路殺向綿州。
　　馬科的援軍前腳剛入綿州，張能奇的兵馬也緊隨而至。雙方在城下展開激戰(zhàn)，然而一連數(shù)日，大西軍卻始終無法攻下城池。
　　八月二十一日，洪正隆的右翼兵馬由潼川趕至綿州，與張能奇匯合，此時正逢張能奇愛妾生日，張能奇見大軍皆已疲憊不堪，于是下令全軍暫停攻城，就地休整兩日，順便在營中為愛妾慶賀祝壽。
　　消息很快就由細作傳至城內，馬科得報大喜，卻故意示弱，不開城門，只派少數(shù)老弱之兵悄悄縋城而出，掠取糧草物資。
　　張能奇見馬科連城門也不敢開，以為城中兵少，無力出擊，頓時放心不少，但為了防備大順軍夜里襲營，還是命令洪正隆派兩千人馬埋伏于營寨之外，以防不測。
　　不想一夜過去相安無事，城中竟是毫無動靜，這下張能奇終于完全放下心來，讓洪正隆將伏兵召回，全軍一齊開懷暢飲，只待次日一鼓作氣，攻克綿州。
　　哪知到了中午，正當大西軍將士酒足飯飽，昏昏欲睡之際，營寨外忽然殺聲四起，大順軍騎兵在馬科的帶領下，猶如猛虎下山般破寨而入，在慌亂奔逃的人群中亂殺亂砍起來。
　　大西軍倉促應戰(zhàn)，被打了個措手不及，兵馬死傷不計其數(shù)。張能奇一身酒氣，來不及披甲便在親兵的攙扶下提刀上馬，只見四面八方到處都是大順軍，雖張能奇勇猛無敵，可是連殺了許久，卻始終無法擊退敵軍。
　　就在此危急時刻，忽見寨外煙塵四起，原來是張其在率領的左翼兵馬趕到了。
　　綿州守將馬爌站在城樓之上，望見大西軍援軍將至，立刻帶著三千兵馬出城攔截。
　　見馬爌擋住了張其在的援軍，馬科當即舉刀高喊道：“弟兄們！隨我殺敵！斬首一級者賞銀十兩，生擒張能奇者賞銀五千！”
　　正所謂重賞之下必有勇夫，大順軍將士頓時勇氣百倍，人人奮勇，個個爭先。盡管張能奇死戰(zhàn)不退，然而戰(zhàn)至日暮時分，在他身旁已然沒剩下多少兵馬了，而大順軍卻是越戰(zhàn)越勇。
　　洪正隆滿身血污地沖到張能奇面前，向著他高聲大吼道：“四將軍，快撤吧！再不撤可就要全軍覆沒了！”
　　“不行！就這么回去，父王必然降罪于我！大家不許撤，隨我繼續(xù)殺敵！”張能奇雖身負多處刀傷，戰(zhàn)馬也已傷重而死，可他卻仍如同瘋子一般，沒有絲毫想退的意思，高舉鋼刀，不管不顧地向前沖去。
　　情勢萬分危急，洪正隆當機立斷，吩咐眾親兵架起張能奇，強行將他推上馬背，然后護住左右，拼死沖出了重圍。
　　馬科見張能奇逃遠，并沒有追殺，徑直收兵回城去了。
　　張能奇身負重傷，在洪正隆和張其在的保護下，一路退至羅江，收攏沿途潰散兵士，只剩八千余人，且多數(shù)有傷在身。張能奇見羅江無險可守，乃退往鹿頭關，然后將兵馬交付給張其在和洪正隆，自己單騎趕回成都，向張獻忠稟報。
　　張獻忠見張能奇重傷在身，并沒有過多苛責，只是囑咐他回去好生休養(yǎng)，并讓醫(yī)官前往張能奇府中，以上好的金創(chuàng)藥醫(yī)治，然后下令召集眾文武上殿議事。
　　待文武聚齊殿中，張獻忠掃視一眼眾人，發(fā)現(xiàn)所有人皆是面色凝重，一言不發(fā)，當即笑著說道：“你們緊張個屁！虎臣此敗盡在老子預料之中，這小子平日里自以為天下無敵，老子早知他不是馬科的對手，就是想讓這小子受點挫折，以為磨礪！”
　　張獻忠話音剛落，定國立刻抱拳請命道：“父王，四弟魯莽，故有此??！現(xiàn)如今全川皆已歸附，自然不能再讓順軍盤踞于川北！兒臣愿領一軍北上，驅逐馬科，一舉拿下漢中！”